O Diretório Colegiado dirige administrativamente o Comitê e é composto por 6 de seus membros, eleitos dentre seus pares, sendo 2 representantes dos Usuários de Água, 2 representantes da Sociedade Civil e 2 representantes do Poder Público.

O Diretório Colegiado reúne-se ordinariamente de acordo com o calendário por ele estabelecido e, extraordinariamente mediante a convocação formal do Presidente ou de pelo menos três outros Diretores.